Согласно текущей версии Паспортов процессов автоматизированных в информационной системе мониторинга движения лекарственных препаратов для медицинского применения (версия 1.28), опубликованной на сайте оператора Честный знак 
Существует процесс «Переупаковка и перемаркировка». Описание процесса: если нарушена вторичная упаковка ЛП, но ЛП соответствует требованиям по качеству, то ИС МДЛП обеспечивает возможность регистрации сведений о переупаковке и перемаркировке. Российским производителем или держателем РУ осуществляется генерирование новых индивидуальных серийных номеров, нанесение на пустые вторичные упаковки и перекладка ЛП в новые вторичные упаковки. При этом старые вторичные упаковки должны быть уничтожены и выведены из обращения. По итогам регистрации сведений о переупаковке и перемаркировке в ИС МДЛП новому SGTIN присваивается тип эмиссии «Эмитирован в результате перемаркировки». При этом в процессе «Вывод из оборота по различным причинам» обозначена причина списание разукомплектованной вторичной упаковки.
Таким образом, списание упаковки с нечитаемым или испорченным кодом возможно.

Относительно первого вопроса: "Почему в схеме работы не предусмотрены корректирующие документы": в названном выше документе описаны процессы "Отмена зарегистрированных операций, отзыв сведений о передаче ЛП и отказ от приемки ЛП", где подробно изложены варианты отмены зарегистрированных операций.